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 滋賀県は、ふるさとの野生動植物の絶滅を防ぎ未来へ引き継ぐために、保全・再生を図る必要がある野生動植物の生息・生育地について「守りたい育てたい湖国の自然100選」として当企画を実施。平成19年1月から2月に県民への1次募集が行われ、平成19年3月にまず54箇所を選定。その後、2次募集を平成19年10月に実施、新たに寄せられた候補地に加え、1次選考で候補地に選考されなかったものについても選考委員会が再度検討を行い、「守りたい育てたい湖国の自然100選」として最終的に100箇所を選考しました。

 当百選には、コハクチョウの飛来地の「琵琶湖岸」や、棚田の景観が有名な「大津市仰木地区の丘陵地」など、身近な自然が多く盛り込まれています。

 選考基準は、『滋賀県で大切にすべき野生生物(2005年版)』を参考にしつつ、「掲載されている種が生息・生育していること」、「掲載されていない種であるが、在来種が量・質ともに豊かに生息・生育していること」、「多様な野生動植物の生息・生育地であり、その生息・生育環境が良好に保全されていること」、「野生動物の生存基盤である自然度の高い植生が発達していること」となっています。
とやまの祭り百選 とやまの年中行事百選
大津市 (14)
比良オトシの湿原、八雲ヶ原湿原、比良山武奈ヶ岳
小女郎ヶ池、安曇川上流域、仰木・伊香立地域
堅田内湖、木の岡ビオトープ、比叡山
三井寺・長等公園地域、音羽山東山麓、瀬田川流域
大戸川下流域、太神山・八筈ヶ岳地域
草津市 (2)
志那の湖岸 志那(琵琶湖岸)、赤野井湾・烏丸半島地域
守山市 (2)
赤野井湾・烏丸半島地域、法竜川流域の湧水路群
栗東市 (1)
金勝寺の社寺林
甲賀市 (13)
黄瀬の湿原、河合川源流、飯道山
岩尾山・岩尾池・大沢池地域、毛枚・上馬杉地域の谷津田群、油日の湿原
みなくち子どもの森、野洲川中流域、古城山・大池寺地域
滝樹神社の社寺林、野洲川上流域、御在所山・鎌ヶ岳地域
綿向山
湖南市 (1)
平松のウツクシマツ自生地
近江八幡市 (3)
佐波江の湖岸、西の湖、長命寺山・伊崎半島地域
安土町 (2)
西の湖、安土城跡・繖山地域
東近江市 (17)
伊庭内湖・大同川地域、躰光寺川・瓜生川流域、愛知川下流域
愛知川中流域、布施溜・新溜、稲垂の湿地
蒲生南東丘陵地の溜池群、甲津畑の里山甲津畑~杉峠(渋川源流域)、杉峠・雨乞岳地域甲津畑~杉峠(渋川源流域)
日本コバ、神崎川流域、ハト峰の湿原
茶屋川流域、藤原岳、御池岳
安土城跡・繖山地域、綿向山
日野町 (3)
鎌掛の渓谷と谷津田群、小野・奥師地域の谷津田群、綿向山
彦根市 (7)
新海浜・石寺町地域の湖岸、荒神山・曽根沼地域、犬上川下流域 犬上川下流域と河口
彦根城の城山と濠、笹尾の里山、多景島
霊仙山
愛荘町 (1)
軽野の湿地
多賀町 (8)
藤瀬の湿地、高宮池・青龍山地域、佐目風穴
野鳥の森、河内風穴、霊仙山
権現谷、今畑のブナ林
米原市 (7)
霊仙山、地蔵川、兜黛山(かぶと山)
山室湿原、三島池、伊吹山
姉川上流域
長浜市 (3)
金糞岳、西池、竹生島
湖北町 (2)
小谷山、尾上・早崎地域の湖岸と野田沼
木之本町 (2)
余呉川下流域、横山岳
余呉町 (4)
横山岳、余呉湖、菅山寺のブナ林
高時川上流域 針川~上谷山
西浅井町 (2)
山門湿原、葛籠尾崎・奥出湾地域の湖岸
高島市 (14)
海津大崎・二本松地域の湖岸、赤坂山・三国山地域、平池・淡海湖
マキノ西部の里山 石庭・辻・寺久保・牧野、西浜の湿原、今津浜・南浜地域の湖岸と浜分
今津弘川のザゼンソウ群落、饗庭野の湿原、針江・深溝地域の湖岸
安曇川河口デルタ、朽木渓谷、朽木いきものふれあいの里
生杉のブナ林、沖の白石
とやまの祭り百選 とやまの年中行事百選