滋賀県は、ふるさとの野生動植物の絶滅を防ぎ未来へ引き継ぐために、保全・再生を図る必要がある野生動植物の生息・生育地について「守りたい育てたい湖国の自然100選」として当企画を実施。平成19年1月から2月に県民への1次募集が行われ、平成19年3月にまず54箇所を選定。その後、2次募集を平成19年10月に実施、新たに寄せられた候補地に加え、1次選考で候補地に選考されなかったものについても選考委員会が再度検討を行い、「守りたい育てたい湖国の自然100選」として最終的に100箇所を選考しました。
当百選には、コハクチョウの飛来地の「琵琶湖岸」や、棚田の景観が有名な「大津市仰木地区の丘陵地」など、身近な自然が多く盛り込まれています。
選考基準は、『滋賀県で大切にすべき野生生物(2005年版)』を参考にしつつ、「掲載されている種が生息・生育していること」、「掲載されていない種であるが、在来種が量・質ともに豊かに生息・生育していること」、「多様な野生動植物の生息・生育地であり、その生息・生育環境が良好に保全されていること」、「野生動物の生存基盤である自然度の高い植生が発達していること」となっています。